余氏认为疫疹的发生与运气的改变息息相关,气运失常是疫疹产生的必要条件。通过临床观察,发现其所处时代疫疹类型主要为暑热疫,提出毒火是根本病因。《疫疹一得》从脉象、舌象、疹之形色、痈疮、全身症状等来综合区分毒火的轻重,随症施治。创制以石膏为君药的清瘟败毒饮加减来治疗疫疹,根据瘟疫起病急、传变迅速的特点,常用重剂生石膏直入肺胃,直捣巢穴,杀无形之毒,退十二经之火,以拔其根,速求转机。在用清凉苦寒的同时,又常常顾护胃气,注意扶助人体正气以驱邪外出。在疫疹后期,往往正虚邪恋,为防止疫疹反复,余氏此时以补中兼清法两治,以求邪去正安,正气来复。